Selain angkutan penumpang, PELNI juga melayani 30 trayek kapal perintis yang menjadi sarana aksesibilitas bagi mobilitas penduduk di wilayah 3TP, dimana kapal perintis menyinggahi 230 pelabuhan dengan total 522 ruas. PELNI juga mengoperasikan sebanyak 18 kapal rede. Untuk pelayanan bisnis logistik, saat ini PELNI mengoperasikan 8 trayek tol laut serta satu trayek khusus untuk kapal ternak.
PT Pelni Ende Fasilitasi Pencairan Asuransi dari PT Jasa Raharja Putera untuk Keluarga Penumpang KM Tidar yang Meninggal
